洪瑜的博客 | CHY Blog

SCENIC网络分析

植物单细胞网络分析可行性

高歌课题组绘制完成 63 种植物功能性转录调控图谱 PlantTFDB – Plant Transcription Factor Database 植物转录因子数据库【planttfdb】的使用植物比较基因组学和数据库 SCENIC 分析的主要目的是：把单细胞转录组数据结合motif数据库，去构建每个cluster的细胞的regulons，得到每个细胞的regulon activity ...

Posted by CHY on September 5, 2020

GO_KEGG信息获取

基因ID及GO KEGG信息获取

多种方式获取基因对应所在 GO term 信息获取所有基因对应的 GO 注释信息。以水稻为例 # 从NCBI Gene 数据库进行下载 # ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/ # gene2go就是基因对应的GO注释文件，这个文件包含了所有物种的GO信息，可以根据物种对应的tax id提取指定物种。 # NCBI中用Entrez Id 标识每个基因，通过...

Posted by CHY on September 4, 2020

biomaRt

基因ID多形式转换

biomaRt 包学习，在做转录组分析中常见的就是 ID 转换，最基本的 gene id，各个数据库又存在不同的 ID，如 Entrez ID 等等。 biomaRt 是基因所有类型转换工具。基本操作 ## 第一步：提前设置想要使用的数据库 useMart(biomart, dataset, host="www.ensembl.org", path="/biomart/mart...

Posted by CHY on September 4, 2020

Cell Blast

Cell blast比对注释分析流程

Cell blast 比对注释 import time import warnings import numpy as np import pandas as pd import tensorflow as tf import Cell_BLAST as cb warnings.filterwarnings("ignore") np.set_printoptions(threshold=...

Posted by CHY on August 26, 2020

普通转录组脚本

普通转录组脚本更新

普通转录组分析流程脚本更新 Shell # 质控 nohup fastqc -o /data2/chy/Rice/rawdata/dml4_3 DML4_C1_Clean_Data1.fq.gz DML4_C1_Clean_Data2.fq.gz & # hisat2比对 # 安装 wget http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/downloa...

Posted by CHY on August 22, 2020

哈佛大学单细胞课程

针对单细胞基础分析深入学习

记录学习哈佛单细胞数据分析课程笔记。单细胞分析优势及特点单细胞分析可以解决的问题：探究组织中存在的细胞类型鉴定未知的或稀有的细胞类型探究发育过程中基因表达差异不同环境下不同类型细胞的表达差异空间转录组表达信息探索单细胞分析存在的挑战：数据量过大每个细胞对应测序量过低(often detecting only 10-50% of ...

Posted by CHY on August 21, 2020

R语言可视化

R语言基础可视化绘图脚本

根据 bioinformics 公众号整理，主要收集 R 语言绘制基本图形的脚本便于后续科研使用，仅做个人学习使用。散点图 # 清除当前环境中的变量 rm(list=ls()) # 设置工作目录 setwd("C:/Users/Dell/Desktop/R_Plots/01scatterplot/") # 读取示例数据 data <- read.table("demo_scatt...

Posted by CHY on August 13, 2020

无参转录组分析流程

潜在无参转录组在单细胞中应用

研究步骤构建cDNA文库，采用Hiseq 2000 PE100或Hiseq 2500 PE125测序手段，现已升级为Hiseq 4000 PE150测序手段。利用Trinity软件对clean reads进行混合拼接，得到transcript和其中的unigene。对transcript和unigene进行功能注释，依据Nr、Nt、Swiss-prot、pfam、KOG、...

Posted by CHY on August 11, 2020

细菌基因组分析

一个细菌基因组完整分析流程

基于基因学苑公众号的推送内容，将生信相关内容收集整理，便于后续查阅，仅做个人使用。数据质控利用 fastqc 软件对原始测序 reads 进行指控. mkdir result fastqc -f fastq -o result 130801_I249_FCC2BDTACXX_L4_SZAIPI030696-112_1.fq.gz 130801_I249_FCC2BDTACXX_...

Posted by CHY on August 10, 2020

人全基因组分析

一个人全基因组完整分析流程

基于基因学苑公众号的推送内容，将生信相关内容收集整理，便于后续查阅，仅做个人使用。人全基因组分析可以大致分为四个过程。从 DNA 到 fastq；从 fastq 到 bam；从 bam 到 vcf；从 vcf 到 pdf；从 DNA 到 fastq 从 DNA 到 fastq 也就是测序的过程，对于人全基因组的测序，要分清楚几个问题？ 1、选择哪种测序...