最近一直在服务器上安装 monocle3，但是一直各种报错，故下定决心学习 conda。主要参考生信技能树的推文conda 管理生信软件一文就够
conda 下载安装
| 直接在搜索引擎搜索 conda 清华，进入 Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua…，找到“Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。”，点击下载页面，下载软件并安装。（miniconda 是 anaconda 的轻量级替代，安装它就不用安装 anaconda，miniconda 的功能足够我们后续安装软件使用，不需要同时安装两个） |
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
Please, press ENTER to continue
>>>
# 此处直接点击enter即可
===================================
Miniconda End User License Agreement
===================================
.......
# 这里点击好几次空格键，直到出现下面行
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
# 这里输入yes，点击enter
# 如果输入错误，比如输入yess，又删除不了，此时你应该按enter,重新输入yes即可
[/home/you/miniconda2] >>>
# 遇到此处时，直接enter即可
# 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径
installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda2
in your /home/you/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>>
# 这里输入yes
# 刚开始学的人最好输入yes，目的是让conda自动给你配置环境变量
# 输入yes的结果是：~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息
# less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下：
# added by Miniconda2 4.5.12 installer
.......
Thank you for installing Miniconda2!
# 出现这个代表安装成功
# 执行下面语句
source ~/.bashrc
# 执行后，本身就是没有任何提示
conda --help
# 出现conda的帮助文档信息，即表明conda安装成功
# 这里很重要，不管安装什么软件，都要检测是否安装成功！
# 如下所示
usage: conda [-h] [-V] command ...
conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.
Options:
......
# 继续调取conda子命令的帮助文档，如
conda create --help
conda install --help
miniconda 配置镜像及环境
# 设置下载镜像，主要是便于安装R包等，因为是就近安装
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
一句一句运行在 linux 命令行上，即复制一句，按一下 enter 键，原则上没有任何提示即为设置成功； 配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc 即可查看！
# 创建小环境，相当于创建柜子装软件包
conda create -n rna
conda install python=2
# 查看小环境名
conda info -e
conda info --envs
conda env list
# 进入小环境，才能进行软件安装等
source activate rna
查找安装软件
# 软件查找有两种方式：
# 1.conda网页中查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html (推荐)
# 2.conda search PACKAGENAME
# 软件安装
# 1.获取软件具体名
# 2.conda install softname # -y参数：询问是否同意安装
# 3.查看帮助文档确保安装成功
# 指定安装版本
conda install numpy=1.11 # 模糊匹配，如1.11.1，1.11.2都可以
conda install numpy==1.11 # 精确安装1.11版本
其他常用命令
conda update conda # 更新conda
conda update bwa # 更新软件bwa
conda list # 查看当前环境所有安装软件
conda deactivate # 退出小环境
conda env remove --name bio-env #删除环境及其中内容
Conda 版本退回
conda list --revision
conda install --rev 5
