记录从NCBI下载SRA测序数据的集中方法
ftp路径下载
# 第一种方法（目前链接存在一定问题）
wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/+SRR+登陆号前三位数字+/SRR+完整登陆号
通过Accession number文件下载
# 第二种方法
# 通过NCBI网站下载SRR_Acc_List.txt
wget -i -c SRR_Acc_List.txt
# 第三种方法
prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt
# 第四种方法
# .sh脚本
cat SraAccList.txt|while read line
do
echo $line
prefetch ${line}
done
Aspera高速下载
# 目前NCBI的ftp链接存在问题
ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l 200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR949/SRR949627/SRR949627.sra ~/biostar
# ascp -v -i 你的asperaweb_id_dsa.openssh文件路径 -k 1 -T -l 200m 下载SRA文件的路径 存储路径
# -v 显示下载信息
# -i 提供私钥文件地址
# -k 断点续传
# -T 取消加密，否则有时候数据不能下载
# -l 设置最大传输速度
