本次 Markdown 主要记录一些单细胞相关的小知识点，包括样品制备、分析流程等等。
样品制备
Visium 空间基因表达解决方案-样本冰冻包埋指南
Visium 空间基因表达解决方案-冰冻切片制备指南
cellranger
数据分析
提高单细胞测序自动化注释准确性的关键因素：reference 标签完整性
TooManyCells–单细胞聚类分析
SCENIC–推断基因调控网络和细胞功能聚类
Smart-Seq2 建库原理
单细胞亚群鉴定知多少 第一篇
单细胞 RNA 测序中质控之重要细节 1
单细胞 RNA 测序中质控之重要细节 2
10x 技术原理的探究
单细胞转录组亚群分析
单细胞转录组高级分析介绍
桑基图在单细胞中的应用
表达矩阵逆转为 10X 的标准输出 3 个文件
单细胞转录组亚群分析
单细胞转录组数据处理之降维聚类分群
单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释
单细胞基因调控网络
Single Cell Analysis for Everyone
tSNE 与 UMAP 的区别
10X genomics 的技术详解
拟时间分析 R 包 Monocle2 使用说明
使用 Monocle3 对多样本单细胞数据进行伪时间分析
单细胞组学培训之时序分析——Monocle2 tutorial
Seurat3 整合数据导入 monocle2 分析
seurat 结果转为 scanpy 可处理对象
小提琴组合
| [单细胞知识小百科 | 揭开“测序饱和度”的神秘面纱~](https://mp.weixin.qq.com/s/ZVntGIxKeH403klGMGsLbQ) |
祖传的单个 10x 样本的 seurat 标准代码
祖传的单个 10x 样本的 seurat 标准代码（人和鼠需要区别对待）
空间转录组
Visium 空间基因表达解决方案助力《Cell》文章发表！
空间转录组|Space Ranger 的使用
H&E 染色图像分割与空间转录组共定位揭示肿瘤组织异质性
染色体可及性
ATAC
最新上线，有手就能学会的 scRNA&scATAC 分析工具
视频：scATAC-seq 实验原理与报告解读
单细胞核测序
小鼠肺的单核 RNASeq 分析：降低了解离偏倚并改善了稀有细胞类型检测
数据库
Cell | 13种植物，超2百万个蛋白，构建大规模蛋白互作网络
