生信零散知识点

收集生信相关各方面知识点

Posted by CHY on July 30, 2020

生信知识点

如何利用 NCBI 提取特定位置的基因组序列?
Docker 的介绍
没有 docker 我真的不想动这样的生信软件
GO、GSEA 富集分析一网打进
对 miRNA 进行 go 和 kegg 等功能数据库数据库注释
火山图自定义展示
Markdown 数学公式语法
如何系统分析一个基因家族的功能?
Review:5.ceRNA 证据与争议
Pathview 包:整合表达谱数据可视化 KEGG 通路
热图中基因聚类原理
肿瘤外显子分析教程
物种内部基因的共线性分析
利用 Bioconda 创建虚拟环境安装软件
生物数据库 ID
mapMan–植物基因功能分析神器
STEM 分析基因表达变化
如何看懂 KEGG 通路图?

基因表达矩阵中重复基因如何处理呢?

典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化

典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集

TCGA and GEO转录组数据挖掘超级干货

TCGA and GEO转录组数据挖掘超级干货

详细回顾非模式物种注释构建过程
如何获取非模式生物KEGG PATHWAY的基因集并用clusterProfile做GSEA?

vcf格式文件基础知识与编辑操作详解

对miRNAs靶基因进行批量预测

WES分析流程

学习WES数据分析1
学习WES数据分析2
学习WES数据分析3
学习WES数据分析4
学习maftools : 可视化分析SNV
学习maftools : 可视化分析SNV(补充)
学习maftools : 瀑布图的多样修饰

一文读懂系列

一文极速读懂 Gene Ontology (GO)数据库
一文读懂KEGG数据库
一文读懂进化树(图文详解)
一文读懂DNA甲基化与BS-seq
一文读懂染色质可及性及ATAC-seq

IGV 基因组浏览器

IGV–初识 IGV
IGV–查看基因结构信息
IGV–自定义 IGV 的参考基因组
IGV–展示 bam 文件
IGV–tdf 文件
IGV–分面操作
IGV–展示 bed 文件
IGV–VCF 文件的可视化
IGV–查看 MAF 文件
IGV–查看 gwas 结果
IGV–查看 CNV 分析结果
IGV–展示 RNA_seq 中的基因表达量
IGV–示 RNA 二级结构
IGV–序列比对
IGV–查找 motif 结合位点

实验技术

CRISPR/Cas9 基因编辑之背景介绍及 gRNA 设计
CRISPR/Cas9 基因编辑之质粒图谱绘制及检测引物设计
CRISPR-Cas9 基因编辑之 sgRNA-Cas9 质粒构建
确定 Cas9 质粒构建成功+漂亮的质粒转染
不可或缺的 sgRNA 活性预实验!

关于 circRNA,你想知道的都在这儿了

相关数据库

pfam 数据库详解
STRING 数据库

数据挖掘

两个检验给 ceRNA 锦上添花
pROC包绘制ROC

画图

如何“偷走”大牛文章漂亮的配色?
技能类|插图配色还被导师嫌弃?来看看这款配色工具
代码得到的图如何更方便地调整到发表级别呢?
PPT导出SCI期刊图
绘图技能|快速绘制大鼠模型及相关技术路线图,超详细教程!

linux

linux 中 conda 安装
linux 学习

R 语言

R 语言数据处理 120 题

生物基础知识点

生信扫盲补漏系列 | Day1
生信扫盲补漏笔记 | Day2(补充版)

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