KEGG 数据库介绍
- KEGG PATHWAY Database（代谢通路数据库）；
- KEGG BRITE Database（分层分类数据库）；
- KEGG GENES Database（基因数据库）；
- KEGG GENOME Database（基因组数据库）；
- KEGG LIGAND Database（配体数据库）；
- KEGG EXPRESSION Database（基因芯片 数据库）
- 基因关系可靠但注释率不高（收录的信息都是有文献支持的）
- 存在三级结构 (A,B,C 级，富集分析中可关注 B 或 A 级可能更直观，通常富集分析的通路都是 C 级的结果)
- 存在两类节点（基因、代谢物）
KEGG 通路图信息
● 通路图中节点：两大元素：
基因（默认指蛋白）+化合物（一 般为代谢物），有时候也代表上下游隔壁通路
● 通路图中的线：三类关系：
1）蛋白-蛋白互作关系 (占 KEGG 大部分关系)
2）转录调控关系（基因表达）
3）酶~代谢物关系（酶促反应）
节点可能对应多个基因，不是只代表一个基因。
kegg 各个通路并非完全独立的，而是存在着普遍的联系。而且 kegg 通路的联系一般不是单纯的上下游关系，更多是类似韦恩图这样的重叠关系。
KEGG 命名规则
针对特定基因，KEGG 会提供更多详细信息： （1）基因信息（Entry, Name, Definition） （2）Pathway，该基因参与了哪些通路 （3）Disease，该基因涉及哪些疾病 （4）Brite，该基因涉及的通路的分级关系，即展示 A 级通路-B 级通路-C 级通路-基因的分层级关系信息） （5）genes，该基因的各个物种中的同源基因。前三个字母是这个物种拉丁名的简写，例如，HSA 代表人。
注：
kegg 中的基因是以功能分类的，所以每个通路节点的基因代表的是一类功能基因（或者说是一个基因家族）。
该基因在其他物种中的同源基因 kegg 也会提供列表。不过也主要集中在一些模式生物，其他非模式生物不会提供这些信息或者提供的不全。
KEGG 的 ID 系统
（1）K+num（备注：大写 K）
基因 ID 号，表示在所有同源物种中具有相似结构或功能的一类同源蛋白。
如 K04456=>丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶
（2）ko+num（备注：ko 小写）
代谢通路名称，表示一个特定的生物路径。
如：ko04151 => PI3K-AKT 信号通路
（3）H + num
数据库里收录的疾病的 ID。
如 H00027 => Ovarian cancer （卵巢癌）。进入该疾病的页面，会简绍卵巢癌简介以及涉及的基因、通路、药物等信息。
（4）C+num
化合物名，通常就是代谢物。记住 kegg 通路是代谢通路数据库，通路里除了基因还有大量代谢物。
如 C00533 =>NO（一氧化氮）
（5）E -.-.-.-(酶名）
很多基因本身就是一种酶，所以他们除了有 Kxxxx 的编号，还有对应一个酶编号。
如 EC2.7.11.1 => 丝氨酸/苏氨酸激酶（即 K04456，AKT 的另外一个编号）
