洪瑜的博客 | CHY Blog

R--时间内存管理

R语言中运行时间及内存管理相关学习

R之时间监测 proc.time() Sys.time() R之内存管理 Object size 查看对象在内存中占用的空间大小。 object_size()与object.size()均可以用于返回R对象占用的内存空间； pryr::mem_used()可以给出R所有对象占用的内存大小； mem_change()函数给出一段执行语句下来，内存的变化情况； gc()函数如果一个...

Posted by CHY on November 30, 2020

R包开发

R包开发系统学习

R包开发书籍：https://r-pkgs.org/whole-game.html R包开发简单流程 library(devtools) packageVersion("devtools") library(tidyverse) # 数据轻量级处理 library(fs) # 文件系统处理 create_package("F:\\R-packages\\foofa...

Posted by CHY on November 28, 2020

免疫入门

为后续相关医学分析打下基础

人人学懂免疫学：第一期免疫：机体识别“自身”与“非己”抗原，并对自身抗原形成天然免疫耐受，对“非己”抗原产生排斥作用的一种生理功能。分为固有免疫系统和适应性免疫系统·。物理屏障(皮肤、粘膜等)构成第一道防线；固有免疫系统(巨噬细胞)构成第二道防线；巨噬细胞表面存在大量受体，可以识别细菌特有物质(如由脂质和糖所组成的细胞膜)。起源于在骨髓中的一种具有自我更新能力的细胞—干细胞(Stem ...

Posted by CHY on November 2, 2020

单细胞SNP

单细胞SNP相关分析流程

Smart-seq2 GATK4流程分析–从fastq到vcf ### RNA-seq序列比对 ### STAR 2-PASS模式 ### star 1-pass index nohup STAR --runThreadN 8 --runMode genomeGenerate \ --genomeDir /workcenters/workcenter3/chenhy/Sin...

Posted by CHY on October 26, 2020

RNA analysis pipeline

Benchmarking of RNA analysis pipelines

转录组测序已经是科研领域的家常菜了，但是对于纷繁杂乱的分析软件，哪些pipeline才是最好的呢？《Impact of RNA‑seq data analysis algorithms on gene expression estimation and downstream prediction》给出了初步的benchmarking结果。文章测评了278个转录组分析pipeline，包括...

Posted by CHY on October 23, 2020

Python爬虫

Python爬虫解决生活问题

紧跟着《生信修炼手册》的步伐，开始学习了解Python爬虫开发，为后续打下基础。网络爬虫流程：网页内容下载 urllib、request、selenium html内容清洗正则表达式、xpath表达式、beautifulsoup 数据库内容存储 sqlite、mysql、m...

Posted by CHY on October 19, 2020

HTML_DOM

访问和操作HTML文档的标准方法

HTML DOM是关于如何获取、修改、添加或删除HTML元素的标准。 HTML DOM中，所有事物都是节点：整个文档是一个文档节点每个 HTML 元素是元素节点 HTML 元素内的文本是文本节点每个 HTML 属性是属性节点注释是注释节点 HTML DOM方法：在节点上执行的动作 HTML DOM属性：在节点设置和修改的值 HTML DOM对象方法 get...

Posted by CHY on October 12, 2020

空间转录组

学习空间转录组，抓住植物单细胞下一个风口

本节主要收集整理空间转录组应用相关信息，用于后续植物应用的可能性。空间转录组数据分析入门 # 载入所需的R包； library(Seurat) library(ggplot2) library(patchwork) library(dplyr) library(hdf5r) # 可以使用Read10X_h5()或Read10X()读入表达矩阵后创建Seurat对象, 然后，使用Rea...

Posted by CHY on October 10, 2020

多种评价指标

Benchmarking评价指标学习

本章主要记录学习多种评价指标原理、应用场景及实现方法的笔记，用于后续 Benchmarking 分析研究。定量指标 Quantitative 与基本事实比较 Comparison to ground truth 结果离散 Discrete target 主要需要基于混淆矩阵进行后续计算。 True Positive(TP)：将正类预测为正类 True Negative(TN)：将...

Posted by CHY on October 8, 2020

Head first HTML & PHP

深入浅出学习html+CSS

html学习 1. <html>标记：通知浏览器文件属于html文件。 2. <style>元素放置在HTML的头部中。其中type属性用来告诉浏览器所使用的样式种类。 3. <a>元素创建超文本链接到另外一个网页。 4. 网页构建流程 * 构建粗略的设计草图 * 通过草图绘制出略图 * 从略图绘制出网页 * 细节完善 5....

Posted by CHY on October 7, 2020

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