CHY Blog

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GEO差异分析

学习常规GEO差异表达分析

目前差异分析主要利用的包有：edgeR、Deseq2、limma; 本质就是对表达量矩阵做一个归一化，让不同组样本的表达量具有可比性，然后利用理想的统计分布检验函数来计算差异的显著性。 limma # 准备三个数据：表达矩阵、分组矩阵、差异比较矩阵 # 运行三个步骤：lmFit、eBayes、topTable # 探索sCLLex数据 suppressPackageStartupMessa...

Posted by CHY on January 11, 2020

ExpressionSet对象

ExpressionSet对象理解学习

基本介绍 ExpressionSet对象主要是对表达矩阵加上样本分组信息的封装，专门将多种不同来源的数据整合到一起方便数据处理的一种数据类型，简单的说，ExpressionSet 把表达数据（assayData 存储芯片、测序等表达数据），表型信息（phenoData 存储样本信息），注释等元信息（featureData, annotation 存储芯片或者测序技术的元数据），以及操作流程（...

Posted by CHY on January 11, 2020

Monocle2

单细胞转录组轨迹分析

拟时分析或者叫轨迹分析，是单细胞转录组分析中常用的分析方法。主要用于推断出发育过程细胞的分化或者基因表达变化。原理一句话概括是对细胞进行排序，模拟出细胞发育过程。目前Monocle存在三个版本：Monocle2、Monocle3、Monocle-alpha 注：Alpha版: 此版本表示该软件在此阶段主要是以实现软件功能为主，通常只在软件开发者内部交流，一般而言，该版本软件的Bug较多...

Posted by CHY on January 10, 2020

Conda入门

便于生信软件安装

最近一直在服务器上安装 monocle3，但是一直各种报错，故下定决心学习 conda。主要参考生信技能树的推文conda 管理生信软件一文就够 conda 下载安装直接在搜索引擎搜索 conda 清华，进入 Anaconda 镜像站使用帮助清华大学开源软件镜像站 Tsinghua…，找到“Miniconda 安装包可...

Posted by CHY on January 6, 2020

植物单细胞类型注释

Hello single cell

单细胞数据分析中最为关键的一步就是细胞类型注释，后续相关分析均是基于注释结果进行，但是由于植物相关研究不多，相对于动物尤其是人来说，相关基础知识较少。根据目前已经发表的植物单细胞文章来看，主要包含三种方法，整理如下： (1) Marker gene鉴定这种方法也是最简单的方法，但主要取决于是否存在对应的Marker gene列表，目前的植物单细胞文章全是基于拟南芥根尖而言，大多是因为拟南...

Posted by CHY on January 5, 2020

Git学习

Hello Git

20 分钟教你搞懂 Git！ git 四大工作区域 Workspace：你电脑本地看到的文件和目录，在 Git 的版本控制下，构成了工作区。 Index/Stage：暂存区，一般存放在 .git 目录下，即.git/index,它又叫待提交更新区，用于临时存放你未提交的改动。比如，你执行 git add，这些改动就添加到这个区域啦。 Repository：本地仓库，你执行 ...

Posted by CHY on January 5, 2020

My First Post

Hello World, Hello Blog

博客搭建思前想后，也算进入生信领域有两年多，对于计算机的基础理论以及计算机领域的知识还是需要进行深入学习。然而博客搭建可以认为是计算机学习的基础，同时也为了记录一些生活趣事以及在生信学习过程中的笔记，达到深入计算机的目的。博客搭建参考：博客搭建详细教程

Posted by CHY on January 4, 2020