洪瑜的博客 | CHY Blog

SingleCellExperiment对象

单细胞数据存储对象

对单细胞数据常用的数据结构SingleCellExperiment(简称SCE)进行学习，了解数据存储结构等。主要参考：Bioconductor中的教程理解scRNA常用数据结构 SCE对象特点：行为基因，列为细胞，同时还存储降维信息等。不同的创建方式 # 创建SCE对象 library(SingleCellExperiment) counts <- matrix(rpo...

Posted by CHY on May 27, 2020

单细胞分析最佳实践教程

分析最佳实践

本文主要阅读单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）这篇文献，故作此记录，方便后续查阅。原文链接阐述了一个典型的单细胞转录组分析各个步骤的细节和注意事项，包括预处理（质控、标准化、数据校正、特征选择、降维）和细胞/基因水平的下游分析等。 https://www.github.com/theislab/single-cell-tutorial 第一步：预处理与可视化主要针...

Posted by CHY on April 19, 2020

学习单细胞拟时分析

Hello,拟时分析

拟时分析拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频率较高。主要基于关键基因的表达模式，在拟时间中对单个细胞进行排序，模拟出时间发育过程的动态变化。排序需要关注的在于：对什么排序，如何判断先后顺序，如何寻找分支点排序离不开降维，降维离不开特征提取。 m...

Posted by CHY on February 22, 2020

理财投资学习

Hello,理财

下文全部概念来自于《解读基金：我的投资观与实践》什么是基金？简单地说，基金就是把大家的钱收集到一起，由专门的人（基金经理）帮我们去投资证券市场。他提取他的佣金，我们拿我们的收益，他们帮我们理财投资。基金购买需要付佣金，一般全部佣金是1.75%，那我们可以得到多少收益？风险又有多大？这些问题就不是那么明确了，因为这是一个动态的东西。我只能告诉你一个历史数据，美国市场长期平均的收益是1...

Posted by CHY on February 22, 2020

RNA-velocity(2)

进行单细胞RNA-velocity分析的其他方法

Seurat直接用于RNA velocity分析 # 安装对应的R包 library(Seurat) library(velocyto.R) library(SeuratWrappers) # 准备数据构建RNA velocity # If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset, download with ...

Posted by CHY on January 16, 2020

批次效应

数据整合分析过程中必须考虑的问题

基本概念整合分析过程中最重要的就是关于批次效应的去除，常用的包括包括Combat方法、替代变量分析法、距离加权判别法和基于比值的方法等。文献提出combat方法是最好的去除基因表达谱数据集批次效应的方法. 数据整合分析有两种形式：元分析和数据合并元分析：首先独立分析每个数据集，最后将它们的结果联合起来，获得多个研究结果的综合结论。数据合并：首先将来自不同数据集的样本合并得到一个大...

Posted by CHY on January 15, 2020

单细胞数据整合

对单细胞数据整合背景进行相关学习

同一测序实验同一批细胞进行的多模态数据整合单细胞多模态：多种类型数据的组合，如RNA与蛋白质数据组合，是一种多维度数据，类似多组学。 MOFA(multi- omics factor analysis)：既可以用于bulk-seq整合也可以单细胞多模态数据整合。 LIGER(linked inference of genomic experimental Relationships)文献链...

Posted by CHY on January 14, 2020

RNA-velocity

RNA-velocity相关软件流程分析

RNA velocity 基本概念 RNA velocity：the time derivative of the gene expression state can be directly estimated by distinguishing between unspliced and spliced mRNAs in common single-cell RNA sequencing...

Posted by CHY on January 13, 2020

单细胞ATAC(1)

ATAC基本概念学习

ATAC基本概念 ATAC(Assay for Transposase Accessible Chromatin with hight-throughput sequencing),指的是转座酶可及的染色质区域的高通量测序。转座酶是由转座子编码的一种酶，在NGS中用于文库构建，最常用的是Tn5转座酶，其随机性好，稳定性高，插入位点易测。通过转座酶，只需一步反应就可以实现DNA的片段化，末...

Posted by CHY on January 11, 2020

GEO

GEO数据库学习

GEO基本概念 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本的ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号一篇文章可以有一个或者多个GSE数据集，一个GSE里面可以有一个或者多个GSM样本。多个研究的GSM样本可以根据研究目的整合为一个GDS。而每个数据集都有着自...